Problema: identificação de fármacos eficientes no combate à Covid-19
Projeto: Este projeto visa contribuir para a interação de diferentes fármacos com o vírus SARS-CoV-2 usando simulações de dinâmica molecular com campos de força atomísticos. Os resultados deste projeto podem ser úteis tanto na triagem de fármacos para combater a doença quanto na compreensão dos mecanismos de interação do vírus com diferentes moléculas.
Status: início ainda sem financiamento exclusivo.
Necessidade: alunos de pós-graduação com conhecimento de dinâmica molecular para ajudar na execução das simulações e na interpretação dos resultados. E também são necessários mais recursos computacionais, como horas de computação em supercomputadores.
SUGESTÃO DE FERRAMENTAS DIDÁTICAS:
Todo mundo deve conhecer. Acredito que voces conheçam há tempo. Mas, nem todos alunos graduação ou pós conhecem:
Mas segue:
Este site é fantástico. Ilustrações e muitos vídeos para pesquisa estudos e ensaios: CHIMERA (uma das ferramentas que uso nas minhas aulas de nanotecnologia CMOS para inovação em “biomimetic, bioinspired e nanobiomaterials”:
(as nanoantenas que trabalhamos -rectennas -tem dimensões de 250nm e o Ncoronavirus tem dimensão típica de 125 nm)
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
veja , p.ex. o vídeo do cérebro:
Estas imagens são excelentes para ilustração e também para comparação de simulações além de toda abordagem ,claro, bioquímica bem elaborada).
Sugiro que tenhamos um link de reposítório de informações, links, applets, simuladores, outras ferramentas didáticas para auxiliar e informar a comunidade.
Olá Professor,
Gostaria de ajudar!
Olá Fábio, excelente! Vou lhe enviar um email então sobre os próximos passos.
Olá Kretly! Excelentes sugestões!
Boa tarde Luis,
temos um cluster computacional IBM na FT/Limeira que podemos disponibilizar para simulações e cálculos (https://cluster.ft.unicamp.br/wiki/doku.php?id=hardware).
Se precisar, me avise.
Vitor
Olá Vitor,
Com certeza precisaremos! Obrigado. Entrarei em contato por email com você.
Eu poderia ajudar de alguma forma? Sou estudante de Física da Universidade Federal do Amazonas, e juntamente com o meu orientador, buscamos realizar o docking e dinâmica molecular dos fármacos mais reportados na literatura que possam inibir os receptores do vírus SARS-CoV-2. Infelizmente, as simulações de MD tiveram o tempo decorrido de apenas 4ns, devido aos limites computacionais. Os resultados que obtivemos não são conclusivos, e muitas dúvidas ainda permanecem. Além disso, estávamos estudando a reatividade das estruturas moleculares por meio dos orbitais de fronteira, mas as função de base gaussianas não foram muito precisas, utilizamos 3-21G para otimização estrutral. Atualmente buscamos entender como mudanças no estado de protonação e pKa podem influenciar nas mudanças conformações e valores de energia livre.
Olá Micael, claro! vamos juntar esforços. Eu acredito que tenhamos poder computacional. O Prof. Vitor Coluci já ofereceu também o cluster dele para ajudar. Eu lhe envio um email para coordenarmos os esforços.
Oi Luis,
o pessoal da IBM também disponibilizou servidores para cálculos e simulações Servidores de alto desempenho disponíveis no laboratório da IBM no Parque Científico e Tecnológico
Vitor
Micael, quais os softwares que vc precisa para rodar suas simulações de MD ?
Micael, veja o projeto do Prof. Licio Veloso descrito em http://www.fapesp.br/14126. Será que vc consegue simular inibidores de bradicinina além dos propostos no projeto dele?
Embora eu esteja me dedicando ao estudo da influência do pH nas flutuações de RMSD com algumas medicaçẽos, me esfoçarei para conciliar com esta nova pesquisa.
Desta forma, realizarei uma triagem virtual baseada na estrutura do receptor (SBDD) em busca de antagonistas do peptídeo Bradicinina. Além de fazer uma revisão bibliográfica de inibidores já existentes. Empregarei as técnicas de docking (AutoDock Vina) e dinâmica molecular (NAMD) para estudar computacionalmente a interação entre o ligante e o receptor.
Sendo assim, o software mais importante nas simulações é o “NAMD”. Estarei construindo em LaTeX o projeto, e em breve estarei compartilhei pelo e-mail os resultados que obtive.
Se quiser podemos criar uma conta no nosso cluster para que vc rode as simulações com o NAMD. Me avise que peço para o técnico responsável fazer isso, OK?
Vejam este software (eles tem pacote Free- mas minha licença trial expirou ) eu uso mais Material science https://www.schrodinger.com/materials-science mas tem DRUG DISCOVERY e outros pacotes ($$$$) . Poderíamos solicitar uma licença para uso da Força-Tarefa usando recursos extra orçamento a partir de doação ou recursos extras do Estado para esta pandemia.
Recentemente eles disponiblizaram este link:
https://www.schrodinger.com/covid-qa-and-remote-working-resources.
abraços e bom trabalho a todos.
Obrigado, irá me ajudar bastante. Estarei realizando simulações para 2 pesquisas: (1) Estudar a dinâmica molecular de interação entre Hidroxicloroquina e análogos em função do pH da enzima TMPRSS2. Onde o objetivo será encontrar medicamentos com os mesmos mecanismos de aumentar o pH intracelular, porém mais seguros e eficazes na remissão dos sintomas da doença (2) Realizar a dinâmica dos medicamentos Firazyr e Haegarda, assim como outros possíveis antagonistas da Bradicinina A e B.
Pessoal, li as postagens e encontrei isso hoje.
Um outra força tarefa disponibilizando as informações das proteínas do COVID19 e considerações de microbiologistas especialistas.
O link : https://innophore.com/2019-ncov/
Quem puder contribuir à pesquisa de potenciais tratamentos ao vírus SARS-CoV-2, é possível realizar o download este software da IBM para que nossos computadores possam processar dados científicos. Destaco que não é necessário conhecimentos complexos de computação, mas apenas a disponibilidade de ajudar.