Força-tarefa COVID-19 Unicamp

Predição de Novos Casos e Óbitos por Município

Não sei se ajuda, mas estou tentando compilar os dados por cidade em https://github.com/ljduarte/COVID-19_Br_data

Não precisa ser jaboticaba. Qualquer liberação tem um motivo (vide as falas do excrementíssimo). A pergunta é que consequências essas aberturar tem.

Complementando:
https://fivethirtyeight.com/features/why-its-so-freaking-hard-to-make-a-good-covid-19-model/

Vai rolar daqui a pouquinho uma live de Stanford que pode nos interessar: https://hai.stanford.edu/events/covid-19-and-ai-virtual-conference/livestream
Logo mais às 13:00h.

Caros,
Guilherme Rezende, doutorando IFGW aqui. Infelizmente tenho pouco conhecimento (e tempo) para contribuir, mas tenho lido artigos com um bom overlap daqueles discutidos aqui. Estou interessado em investigar como refinar os inputs que este artigo fala. Particularmente, encontrei pouco sobre “traduzir” a parte do diagonóstico de exames (falsos + e - ) para refinar a taxa de contaminação.

Neste sentido, recomendo o artigo do NYTimes:
https://www.nytimes.com/2020/04/01/well/live/coronavirus-symptoms-tests-false-negative.html

https://www.nytimes.com/2020/04/01/well/live/coronavirus-symptoms-tests-false-negative.html

Boa tarde. Fiquei sabendo da iniciativa pelo Prof. Biloti, e gostaria de saber como posso ajudar.

O grupo de Stanford fez essa calculadora epidemiológica fantástica com interface gráfica http://gabgoh.github.io/COVID/index.html

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@rlourenco, tô colocando, diariamente, dados atualizados no github. Eu escrevo em R, então o RDA é pra caso alguém também o faça; não sendo esta a sua especialidade, os dados CSV também estão lá. Podemos começar com os modelos mais básicos e evoluir a partir daí.

@GRezende, esse ponto dos falsos negativos (que podemos começar a ver agora com os testes rápidos) e falsos positivos é relevante. Como você sugere que sigamos?

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Bom dia. Eu desenvolvi uma plataforma contendo algumas visualizações simples de casos/mortes pelo mundo. Até então, não tinhamos dados seccinoados do Brasil, a idéia é disponiblizar algumas viz que ajudem/falicitem a análise da situação no Brasil (apesar dos casos/mortes estarem subnotificados). Estou atualizando os dados de hora em hora, usando dados disponibilizados pela JHU no GitHub. O código fonte da minha plataforma também está público no meu github.
http://covid19.beluzo.com.br

Olá, bom dia
sou cientista de dados e tenho experiência em modelagem preditiva no R e python. Gostaria de saber como posso ajudar. Muito obrigada

Caros,

uma pergunta. Não sei se este é o forum adequado. Como é o mais ativo, vou colocar aqui, por favor sintam-se a vontade pra replicar onde acharem conveniente. É sobre os testes em massa. A pergunta é: como são feitos os testes? Imagino que amostras são coletadas e são enviadas a um lab. Essas amostras são então testadas para verificar a presença de algum “marcador”, seja genético ou de anticorpos, certo? Havendo o marcador, o teste e positivo. Obviamente, ausente o marcador, o teste é negativo. É um teste binário simples. Portanto, se eu tenho N amostras, faço N testes e tenho os N resultados. Porém, numa situação como aparentemente é a nossa, na qual ainda esperamos muito menos testes positivos do que negativos, esse “algoritmo” não é o mais eficiente. Pode-se, por exemplo, pensar em algo do tipo busca binária. Ex.: comecemos com 2^m amostras. Pegamos um “pouquinho” de cada amostra e misturamos. Testamos a mistura. Dando negativo, já temos 2^m amostras sabidamente negativas. Dando positivo, divide-se as amostras iniciais em 2 grupos iguais e repete-se o procedimento. Supondo, por exemplo, que se espera 1/128 = 2^{-7} de casos positivos numa população, usando-se esse procedimento com 2^4 = 16, devemos ter que apenas 1/8 das “misturas” deem positivo. Assim, com 8 testes poderíamos garantir algo como 7*2^4 = 112 negativos.

Faz sentido isso?

@Benilton_Carvalho eu normalmente desenvolvo em Python. Vou olhar o repositório e começar uma análise exploratória.

@Benilton_Carvalho, ainda não tenho tudo em mente, mas certamente passaria por algum tipo de análise baysiana. Numa macrovisão, os dois conjuntos de perguntas que acredito serem pertinentes com essa informação são:

  1. Para equipes médicas em geral: Quantos testes rápidos ou com que frequência eles devem ser testados para garantir [dentro de margem de erro] que devam se afastar e qual o impacto deste afastamento se detectado cedo.
  2. Para o público em geral: Seria possível extrapolar para o conjunto da populaçao nao testada o número de infectados, incluindo assintomáticos? Claro, esse número é dinâmico e, infelizmente, a testagem até agora não está acompanhando em sincronia (ou seja, temos um banco de espera de resultados). Imagino que isso dificulte bastante análise.

Totalmente aberto a críticas, sugestões e comentários.

Parece que sim. Seria uma forma de diminuir o tempo de espera para saber o resultado do teste. Teria ver com os biólogos/médicos a questão de misturar um “pouquinho” de cada amostra. Se isso não causa nenhum problema no teste.

@acaseri, tô deixando os dados (atualizados diariamente) no repositório do github. Sinta-se à vontade pra mandar uns pull requests e vamos seguindo com isso de maneira “federada”. Nos próximos dias, devemos receber uma série de resultados que estão empacados na espera e os números podem mudar significativamente. Logo espero poder compartilhar um dashboard também.

@GRezende, acho que para as suas duas perguntas, a gente deve começar a ser capaz de coletar evidências nas próximas semanas, com os testes rápidos que já foram despachados para o Sudeste (acho que coisa de 200 mil). Entretanto, não acho que, na situação em que o mundo se encontra, estes serão recursos “perenes” para o período da pandemia… Mas penso que estes testes rápidos ajudarão a calibrar o problema das subnotificações.

@asaa, achei legal a linha de pensamento. Mas acho que os testes rápidos possuem uma taxa de falso negativos que não é desprezível… Você consegue ter uma idéia de o que seria a “maior taxa aceitável para falso negativos” que esta idéia suportaria? Vou checar algumas informações com o pessoal da área clínica.

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@ Benilton_Carvalho Numa primeira análise mais simples, a “eficiência” do teste não muda muita coisa, i.e., os resultados finais nos dois algoritmos vão depender da mesma forma dessa “eficiência”, supondo “eficiência” como a prob. de acerto. Agora, se esta prob. é diferente nos casos positivos e negativos, a situação fica mais complicada, teria que pensar mais a respeito.

Este tipo de análise é empregada por laboratórios em testes de HIV.

Ótimo, obrigado! :+1:

Boa noite,

Eu escrevi um outro pacote em R para importar os dados no endereço https://github.com/Freguglia/datacovidbr. Tem menos dependências do que o coronabr e é mais simples porque o objetivo é apenas importar os dados, sem as funcionalidades de gerar gráficos, etc. Tem algumas diferenças no pré-processamento também.

Não consigo contribuir com a modelagem, mas deixo a alternativa disponível e posso adicionar mais conteúdo que possa ajudar conforme for necessário, tanto de novas fontes como pré-processamento.

Oi Victor, estamos olhando seu código e ele está muito interessante. Desde o início da epidemia estamos fazendo uma curadoria de diferentes fontes dos dados e atualizando diariamente. Um dos nossos objetivos iniciais era avaliar a qualidade da reportagem dos dados. Os dados podem ser encontrados aqui: https://github.com/pdpcosta/COVID-19_Brazil
Fiquei curiosa que você está conseguindo fazer o download de planilhas CSV direto do Ministério da Saúde, é isso mesmo? Como você descobriu o caminho? Não conseguimos encontrar com facilidade.