Os dados estão no FioGripe: http://info.gripe.fiocruz.br/
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Pessoal, só indicando mais uma base de dados: https://covid19graficos.github.io/relatorio/
É nosso ex-aluno e está postando diariamente no Grupo da Unicamp no Facebook. Já chamei ele para contribuir por aqui tb.
@pdpcosta É isso mesmo! Eu precisei monitorar o tráfego de rede pra ver quais endereços eram acessados quando o usuário clica no botão de Download. Aí deu pra descobrir que, pelo menos no momento, os dados ficam no endereço https://covid.saude.gov.br/assets/files/COVID19_{dt}.csv, onde {dt} é a data no formato, por exemplo 20200402 para o dia de ontem.
Eu ainda não consegui estimar em qual horário eles inserem os dados pro novo dia ou se isso é automático, então pelo menos nas primeiras horas do dia pode ser que ainda não tenha o arquivo do dia anterior.
Fantástico @VictorFreguglia, acabei de testar e realmente funciona. Observamos que os dados do MS estão defasados de um dia de algumas secretarias estaduais, mas ainda sim é ótimo ter acesso aos dados oficiais novamente. Só queria entender porque eles não disponibilizam isso abertamente como estavam fazendo até 18/03.Vamos conversando sobre maneiras de interagir ou quem sabe unirmos os esforços.
Olá @christian.perone estamos atrás destes dados também. Um aluno conseguiu os dados epidemiológicos em PDF e estamos trabalhando na tabulação. Assim que terminarmos, estará disponível aqui: https://github.com/pdpcosta/COVID-19_Brazil
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@VictorFreguglia será que você consegue repetir o processo para descobrir o caminho do Portal G1? Acabei de ver que o Ministério da Saúde agora tem o botão de Download do CSV na própria página também. Mas este portal do G1 aparentemente tem o dado compilado dos municípios. https://especiais.g1.globo.com/bemestar/coronavirus/mapa-coronavirus/?_ga=2.146359859.608239959.1585989548-08bd7eae-26af-6bf1-7295-16bf5e0c57df#/
@pdpcosta Os dados são compilados por município, mas não coincidem com os do portal Brasil.io. Os links são esse para os dados do Brasil e esse para os dados mundiais. Estão em JSON, mas se precisar de ajuda pra importar esse formato no R, é só abrir uma issue no seu repositório que já deixei com Watch e ajudo por lá 
Oi @VictorFreguglia, obrigada pela pronta resposta. Vou dar uma olhada. Qual é a sua leitura sobre a qualidade dos dados do Brasil.io?
Abraço e bom início de semana!
Para quem tiver interesse, estou atualizando análises neste website, atualizei o forecast de óbitos utilizando os dados liberados hoje (Apr 7).
Olá pessoal sou mestre em ciência de dados e atuo na área, tenho experiência em mineração de dados não estruturados e análise e modelagem de redes complexas. Estou à disposição no que precisarem. Como sugestão para o pessoal que deseja modelar a epidemia em forma de rede, tentem testar outras estruturas de redes. Acredito que essa curva de contágio em forma de distribuição normal não reflete muito a realidade dessas doenças. Vou compartilhar abaixo um gráfico de uma simulação que fiz em uma disciplina relacionada com diferentes tipos de redes.
Abraços
Caros, escrevi um código simples em Python que faz algumas análises no contexto de um modelo SIR simples a partir dos dados divulgados pelo Ministério da Saúde. Já vem rodando há algumas semanas, aparentemente sem bugs. Os “relatórios”, assim como todas as informações pertinentes estão aqui:
http://vigo.ime.unicamp.br/COVID/